本分校は、昭和３９年に北海道立もなみ学園（現　知的障がい児施設　北海道社会福祉事業団もなみ学園）に、北海道札幌養護学校もなみ学園分教室として２学級開設したのが始まりです。

　昭和５４年の義務制施行に伴い、北海道札幌養護学校もなみ学園分校として開校しました。昭和５９年１２月に現在の校舎が完成し、平成８年には特例措置による特例通学生を受け入れて、地域の児童生徒も自宅から通学することができるようになりました。

　また、平成１２年には高等部が設置されました。平成１３年１月からは、もなみ学園の協力のもと、学校給食が実施されています。

　そして、平成２８年４月に新しく開校された北海道札幌伏見支援学校の分校となりました。地理的には札幌市の南に位置し、支笏湖へ向かう道路沿いに学校が立っています。近くには、「札幌芸術の森」や「国設滝野すずらん公園」などがあり、学校は緑あふれた環境の中にあります。